合同会社のデメリット
■認知度が少ない-デメリットその１
合同会社は２００６年に制定された新しい会社ですから、まだまだ日本においての認知度は少ないと言えます。
日本において、有名な企業（大会社）はほとんど株式会社ですし、合同会社なんて聞いたことがないという方が多いのが現状です。
従って、信用度も株式会社の方が高いとも言えます。しかし、金融機関の融資などでは
合同会社だから融資が不利となるというわけではありません。
あくまでも、事業内容や売上や資産の状況が第一の条件であり、株式会社だから、合同会社だからといった差異はありません。
また、合同会社のメリットでも述べましたが、合同会社の設立件数はどんどん増えておりますので、今後は認知度も高まることでしょう。
■出資だけの参加は原則なく・出資をしなければ参加できない-デメリットその２
株式会社の場合は会社の所有は株主で、業務は取締役が行うこととなっており、所有と経営が二つに分かれているのが特徴です。
当然、株主だけ＝出資しただけ という人（法人）も存在が認められています。
合同会社の場合は、株式会社と違って上記のように「出資するだけ」というひと(法人)は原則認められておりません。会社の業務のことはわからないが、出資だけはするといった考えの人は、合同会社には参加できないということです。
従って、合同会社の設立にあたって、出資の申し込みがあったとしても、業務（経営）に参加してくれない方ですとダメということになってしまいます。
出資金を募りにくい点がデメリットといえるでしょう。
また、逆に経営には参加したいが、出資金がない・出資はしたくないといった方や法人の存在も認められておりませんので、注意が必要です。
しかし、合同会社は社員＝業務執行社員というような原則はありますが、定款の中で
社員の中から業務執行社員を選出すれば業務執行社員にならない社員は実質「出資だけ」の社員となれます。ただし、会社の経営の中での重要決定事項で、総社員の一致などを
定款に掲げている場合には、やはり出資だけとは言い切れない事項も起こってきます。
このようなことを良く考え、業務執行社員の選出や定款自治をしっかり決めることが大切です。
■意思決定の際に意見がまとまらなくなる恐れがある-デメリットその３
合同会社は原則的に、利益の配分は出資額に依らないとなっています。これは株式会社のように出資額がモノをいうといった金的会社と対照的に合同会社は人的会社であるということがメリットでもあり、デメリットでもあるということです。
人的会社という意味は「出資した額にとらわれず、ひとりひとりのノウハウや知識や技術を尊重し、平等に会社を運営して行こう」といった意味合いを示します。
しかし、たとえばノウハウや知識・技術などは形のない価値は算出しにくいものですし、時間の経過とともに人と人との関係も形を変えてゆくのが世の常ですので、出資額にとらわれない利益の配分は後々揉め事の原因にも成り得ることです。
また、業務の執行についても、原則的には社員全員の一致となっておりますが、合同会社の場合は社員ひとり１票が原則となっている都合上、人数が複数の場合には、意見がまとまらない場合があります。
株式会社の場合は所有する株式の数によって議決権の大小が決まりますので、意見がまとまらないということはあまりないと思われます。
合同会社の定款では利益の配分の部分でも定款自治が認められ、「出資金の額に応じる」といった定めが可能ですし、業務執行の部分でも「過半数の一致」などと定めることができますので、設立時に十分検討が必要となります。
■社長の登記簿上の呼び名が｢代表社員｣である-デメリットその４
合同会社の場合は、法人成りをして晴れて会社の社長となっても「代表取締役」ではなく「代表社員」であることが合同会社の登記上の呼称です。
このような呼び名では、どうも嫌だという方がいらっしゃるのが現状です。